Logo Yayasan Arwaniyyah Kudus mempunyai makna sebagai berikut :
Tulisan dengan huruf Arab pada logo bagian atas menyatakan bahwa segala kegiatan Yayasan Arwaniyya bersifat Islami.Gambar yang berada di tengah logo adalah rangkaian pasangan huruf “Y” dan “A” yang membentuk bunga melati.Gambar bunga Melati mengandung harapan semoga Yayasan Arwaniyyah Kudus bersih dari segala hal yang tidak baik serta memberikan kemanfaatan bagi masyarakat sehingga nama Yayasan Arwaniyyah Kudus harum bagaikan bunga Melati yang putih dan harum semerbak.Tulisan Yayasan Arwaniyyah Kudus di bagian bawah bertuliskan dengan huruf latin mengandung arti bahwa Yayasan Arwaniyyah Kudus tidak mengesampingkan urusan duniawi serta segala ilmu pengetahuannya.Bentuk logo yang bulat mengandung arti bahwa semua kegiatan Yayasan Arwaniyyah Kudus terhimpun dalam visi, misi dan tujuan yang sama.
